Kubo est un être aussi intelligent que généreux, qui gagne chichement sa vie en sa qualité de conteur, dans un village de bord de mer. Cette petite vie tranquille, ainsi que celle de ses compagnons Hosato, Hashi et Kamekichi va être bouleversée quand par erreur il invoque un démon du passé. Surgissant des nues cet esprit malfaisant va abattre son courroux sur le village afin d’appliquer une vindicte ancestrale.

Dans sa fuite, Kubo fait équipe avec Monkey et Beetle, pour se lancer dans une épopée palpitante afin de sauver sa famille et percer le secret de la chute de son père, le plus grand samouraï que le monde ait jamais connu. À l’aide de son Shamisen- un instrument musical magique-il va affronter toutes sortes de dieux et de monstres, notamment le terrible Moon King assoiffé de vengeance ainsi que les affreuses sœurs jumelles afin de dénouer le mystère de son héritage, réunir sa famille et accomplir sa destinée héroïque.